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01利息扣除標準不同
企業所得稅：根據《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》第三十七條、第三十八條規定，支付給金融企業的利息可以扣除。向非金融企業支付的利息，不超過同期同類企業貸款利率的部分可以扣除，超出部分不能扣除。從關聯方取得的貸款所支付的利息，應當按照稅法規定的方法扣除。
土地增值稅：按照《中華人民共和國土地增值稅暫行條例實施細則》、《國家稅務總局關于土地增值稅清算有關問題的通知》220號）第七條規定，向金融企業支付不超過同類商業銀行借款利率的利息期限可以扣除，但支付給非金融企業的利息不能扣除。同時存在金融企業借款和非金融企業借款，或者企業未發生利息支出的，利息可按土地成本和建筑成本之和的5%扣除。另外，《財政部國家稅務總局關于土地增值稅一些具體問題規定的通知》號文件規定，貸款期限內的利息和利息加罰金不得扣除，但可以在計算企業所得稅時扣除。
02閑置土地費的扣除標準不同
企業所得稅：根據《國家稅務總局關于印發〈房地產開發經營業務企業所得稅處理辦法〉的通知》31號）的規定，土地閑置費可以在計算企業所得稅時扣除。
土地增值稅：根據《國家稅務總局關于土地增值稅清算有關問題的通知》規定，閑置土地費在計算土地增值稅時不得扣除。
03營銷設施建設費扣除標準不同
企業所得稅：根據《國家稅務總局關于印發〈房地產開發經營業務企業所得稅處理功、法〉的通知》規定，開發間接費用包括項目營銷設施建設費用等。
土地增值稅：根據《土地增值稅暫行條例實施細則》的規定，開發間接費用不包括項目營銷設施建設費用。
04預提費用扣除標準不同
企業所得稅：企業所得稅匯算清繳時，可按規定扣繳三項費用。《國家稅務總局關于印發房地產開發經營業務企業所得稅處理辦法的通知》第三十二條規定，外包項目尚未結算的，且未取得全額發票的，在證明文件充足的前提下，可以扣留發票不足金額，但尚未興建或竣工的公共配套設施未超過合同總金額的，建設費用可以根據預算費用合理代扣；應上交政府但尚未報批的建設費、物業裝修費，可按規定扣繳。
土地增值稅：根據《國家稅務總局關于房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》187號）第四條第四項規定，房地產開發企業發生的費用，除另有規定外，不得扣除。
05附加扣除
企業所得稅清算不加計扣除。在土地增值稅清算中，根據《土地增值稅暫行條例實施細則》規定，從事房地產開發的納稅人可享受加計扣除。
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